Сейчас музейное собрание насчитывает более 20 тысяч единиц хранения. Это личные документы ученых, архивы кафедр, грамоты института, авторские свидетельства, рукописи; фотографии; печатные издания XIX – XX веков, в том числе с автографами Д. И. Менделеева; коллекции открыток блокадного Ленинграда; собрания художественного стекла, фарфора; приборы XIX – XX веков.

Материалы фондов музея широко используются в публикациях, в работах преподавателей, аспирантов, студентов и в выставочной деятельности. В представительскую работу музея включен прием иностранных ученых. Музей сотрудничает с датским институтом Стено, который занимается вопросами истории наук и базируется в Университете города Орхус.